Zaradi tolikih uspehov so krivoverci sklenili zaroto in naredili načrt, kako bodo p. Fidelisa spravili s sveta. Zlasti še, ker je prav tedaj novoustanovljena Kongregacija za širjenje vere imenovala p. Fidelisa, kot najbolj hrabrega misijonarja, za prefekta misijona v Reciji.
P. Fidelis je slutil, da se bliža dan njegove usmrtitve. Ni se motil.
Po veliki noči leta 1622 se je vrnil v samostan v Feldkirch, kjer je bil samostanski predstojnik. Pred odhodom v svoj misijon se je s prižnice poslovil od vernikov, češ da ga tokrat zadnjič vidijo in slišijo, ker ga bodo krivoverci ubili zaradi vere.
Dne 23. aprila je maševal v Gruschu. Po maši so ga neki krivoverci povabili, naj pride naslednji dan, v nedeljo, gotovo maševat v Seewis. Slutil je zasedo, vendar je čutil dolžnost, da imajo verniki mašo.
Dne 24. aprila se je p. Fidelis zjutraj spovedal, nato je maševal v Gruschu, na kar je v spremstvu kapitana Joahima Colonne in nekaj vojakov odšel v Seewis. Cerkev je bila natlačeno polna. Ob 9. uri gre na prižnico. Tam najde listič z napisom: “To je tvoja zadnja pridiga!” Naustrašeno začne govoriti o svoji temi: “En Gospod je, ena vera, en krst” (Ef. 4, 5). Kmalu vpadejo v cerkev oboroženi krivoverci z velikim krikom. Zapovedo pridigarju, naj stopi s prižnice. Vojaki, ki so ga varovali, so bili ubiti. En strel namenjen njemu, zgreši. P. Fidelis stopi pred oltar, vendar, da se ne bi omadeževala cerkev, gre raje ven. Zunaj ga 20 mož hitro obstopi, napade in pobije na tla s težkim tolkačem. Mučenec zakliče imeni Jezus, Marija, odpusti napadalcem in obleži mrtev, potem ko mu je meč prebodel prsi. Ostal je Kristusu zvest, kot je obljubil pri svoji preobleki.
Šele drugi dan so ga pokopali na skupnem pokopališču v Seewisu. Na grob so postavili križ, to je bilo vse. Na prošnjo kapucinov so oktobra, torej po 6 mesecih, v spremstvu vojakov odkopali njegove ostanke: pri tem so našli, da sta bili odsekani glava in leva roka. Njegovo glavo so dobili kapucini v Feldkirchu, telo pa so pokopali v stolnici v Churu.
P. Fidelis je bil po 107 letih razglašen za blaženega in mučenca, prvega mučenca Kongregacije za širjenje vere. Benedikt XIV. pa je razglasil bl. Fidelisa za svetnika skupaj s kapucinskim misijonarjem sv. Jožefom Leoniškim.
Sv. Fidelis je najmlajši kapucinski svetnik, umrl je star komaj 44 let; prav tako je tudi najmlajši med kapucinskimi svetniki po redovniški starosti: živel je le 10 let v kapucinskem redu.
Sv. Fidelis je krasen zgled sposobnega in gorečega misijonarja.